La Dirección de Investigación y Transferencia de  la Sede Guanacaste focaliza sus acciones de Investigación y Transferencia en varias líneas: la Biología Reproductiva de especies acuícolas con potencial productivo de peces y crustáceos y la calidad de las aguas residuales derivadas de sistemas productivos agrícolas y agropecuarios, También, se ha incluido un área de investigación en Biología molecular, que integra herramientas y equipo tecnológico para análisis bioinformáticos de genes y proteínas para el estudio de las vías de respuesta inmunológica en peces y crustáceos, incluyendo el estudio de las enfermedades que los afectan.

En otros temas, se investigan el cultivo de arroz (fósforo y especies de ácaros que afectan esta especie). Además, se evalúa el crecimiento de una palmera (Bactris guinensis) con potencial productivo.

La Dirección de Investigación y Transferencia de la Sede Guanacaste, tiene como meta impulsar acciones de vinculación entre la Universidad Técnica Nacional y el sector agroproductivo de la Región Chorotega.

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